Realizzato nel 1545 come “Orto dei Semplici” (piante officinali) della Facoltà di Medicina dell’Università di Padova, fu sistemato dall’arch. Andrea Moroni.
E’ il più antico orto botanico universitario del mondo che abbia mantenuto la collocoazione originaria e ospita importanti collezioni di piante storiche tra le quali si segnala: Chamaerops humilis L., chiamata “palma di Goethe”, impiantata nel 1585, attualmente la pianta più vecchia; Platanus orientali L. del 1680; Ginkgo biloba L. del 1750; Magnolia grandiflora L. del 1786, ecc.. Tra le sezioni: piante medicinali, piante velenose, piante insettivore, piante dei Colli Euganei, piante acquatiche, piante succulente, piante rare e minacciate di estinzione, piante delle dune, una raccolta di piante con etichette in Braille per non vedenti, ecc.
L’Orto ha una particolare rilevanza anche per la sua singolare struttura architettonica. Conserva ancora l’antica biblioteca. Nel 1997 l’Orto patavino è stato inserito da parte dell’UNESCO nella lista del Patrimonio Mondiale, come sito culturale.
Grazie ad importanti lavori di ampliamento, conclusi nel settembre 2014, l’Orto Botanico ospita il nuovo Giardino delle Biodiversità: una grande teca di vetro al cui interno si trovano 5 serre differenti, che ospitano i differenti ambienti presenti sulla Terra, dalla foresta pluviale, dove l’umidità crea le migliori condizioni per la vita, ai panorami più estremi, dove il freddo rende la sopravvivenza delle specie vegetali quasi impossibile.