L’actuel Dôme, projet sur lequel participa Michel Ange, fut achevé entre le XVIème et le XVIIIème siècle, d’après un projet d’Andrea da Valle. De belles statues de l’artiste toscan Giuliano Vangi embellissent le nouveau presbytère, inauguré en 1997.
Le baptistère de la Cathédrale, construit en style roman entre 1075 et est dédié à St. Jean Baptiste, et a été decoré en 1375-78 par le peintre florentin Giusto de’ Menabuoi. Ce dernier a représenté dans une série de fresques les épisodes les plus marquants de l’Ancien et du Nouveau Testament.
Au sein de la grande coupole, le cycle pictural débute par un surprenant Paradis, s’ensuivent les histoires de Marie, la passion, la mort et résurrection du Christ. Sont aussi représentés 37 saint vénérés à Padoue. Autour de l’autel les 43 tableaux représentent des scènes de l’Apocalypse de l’évangéliste Saint Jean. Au centre du Baptistère se trouve une vasque de baptème datant de 1260. La décoration fut commandée par Fina Buzzaccarini, épouse de Francesco II Vecchio da Carrara, Seigneur de Padoue au 14ème siècle.