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Er wurde auf senatlichen Beschluss der Republik Venetien zur Kultivierung der Heilpflanzen gegründet, die zu jener Zeit die große Mehrheit der Unverfälschten bildeten, nämlich jene Arzneimittel, die unmittelbar aus der Natur herstammen. Aus diesem Grund nannten sich die ersten Botanischen Gärten „Gärten der Unverfälschten“ (Hortus Simplicium).
Der Garten ist Zeuge der Entwicklung der Botanik von ihrer Stellung als angewandte Wissenschaft bis zur Medizin in den heutigen verschiedenen Zweigen gewesen.
Zum Garten kamen nach und nach die Bibliothek, das Herbarium und verschieden Laboratorien hinzu.
Im Botanischen Garten Paduas befinden sich u.a. auch Pflanzensammlungen mit besonderen Merkmalen, die im Freien oder im Gewächshaus gehegt werden, wie Insektenfressende Pflanzen, Heil- und Giftpflanzen, Pflanzen aus den Euganeischen Hügeln und seltene Gewächse aus Nord-Ost-Italien, vom Botanischen Garten in Italien eingeführte Pflanzen. Zum ersten Mal in Italien ist ein Rundgang für Blinde ausgearbeitet worden, der während der warmen Jahreszeit angeboten wird.
Im Jahre 1997 ist der Botanische Garten in die Liste des Weltgutes der UNESCO eingetragen worden.
